PukiWiki - 4.OpenMPを用いた並列計算のバックアップ(No.3)

担当教員
演習日
講義内容
計算機環境
OpenMPの使い方
バッチジョブ
【演習】

担当教員 †

臼井英之

↑

演習日 †

2010.06.03
2010.06.10

↑

講義内容 †

OpenMPを用いた共有メモリ型計算機上での並列処理
OpenMPの使い方
Doループの簡単な並列化
各スレッドに別々の仕事を担わせる並列化

↑

計算機環境 †

scalar マシン、1ノード（1cpu, 2core)を利用（ノード間ではOpenMPは使えない。ノード内のマルチコア環境での並列化に利用。）
PGI fortran コンパイラー

↑

OpenMPの使い方 †

並列化したいところにOpenMPの指示行を入れる。
!$OMPで始まる指示行（Fortran90 ではコメント行）

例えば、

program hello
 implicit none
 integer omp_get_thread_num
 print*, program start.’
 !$OMP parallel
 print*, My thread number =’, omp_get_thread_num()
 !$OMP end parallel
 print*,‘program end.’
end program hello

これをコンパイルするには、
```
pgf90 -o [output] -mp [filename]
```
ただし、-mpは、OpenMP directive を処理する、という意味。つけないと、指示行は単なるコメントとみなされ無視される。
例えば、上の例だと、
```
pgf90 -o hello -mp hello.f90
```
とタイプすると、文法的に問題がなければ、helloという実行形式が生成される。
あとは、並列度数をthread_numとすると
```
setenv OMP_NUM_THREADS [thread_num]
```
とコマンドライン上で環境設定し、実行形式helloのある場所で　./hello とタイプすれば走る。（scalarの場合、thread_numは2を指定する。）
今回の講義では、バッチジョブで走らせる。

↑

バッチジョブ †

scalarのような共有マシンで走らせるには、キューイングシステムを使ってバッチジョブの投入を行うことによりプログラムを走らせる。
ジョブスクリプトに環境設定とプログラム実行内容を記述。例えば、スクリプト名をtest.shとすると、その内容は以下のような形になる。
```
#PBS -l cputim_job=00:01:00
#PBS -l memsz_job=1gb
#PBS -l cpunum_job=2
#PBS -q PCL-A
cd [work_directory]
setenv OMP_NUM_THREADS 2
./hello
```
ただし、[work_directory]は実行形式のあるディレクトリ名
次に、次のコマンドを用いて、このジョブスクリプトをバッチジョブとしてシステムに投入する。
```
qsub [ジョブスクリプト名]
```
上の例だと、test.sh
ジョブスクリプトの処理状況を見るには、
```
qstat
```

↑

【演習】 †

program hello を各自作成し、コンパイル後、バッチジョブで実行せよ。ただし、標準出力は[スクリプト名].o[ジョブ番号]

intent(in)	入力	その手続き内で値は変更されない変数
intent(out)	出力	その手続き内で値が設定される変数
intent(inout)	入出力	両者の混合。デフォルト。

バグの混入を防ぐために、Fortran90/95プログラムではすべての引数に入出力属性をつけることを強く勧める。

as of 2024-04-27 (土) 18:16:48 (90)

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