6.3 2次元可視化 のバックアップ(No.7)
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- 6.3 2次元可視化 へ行く。
- 1 (2010-07-08 (木) 12:11:47)
- 2 (2010-07-08 (木) 12:37:23)
- 3 (2010-07-13 (火) 18:51:41)
- 4 (2010-07-14 (水) 15:28:22)
- 5 (2010-07-14 (水) 18:18:29)
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- 10 (2010-07-15 (木) 19:42:38)
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- 14 (2010-08-07 (土) 20:36:59)
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- 20 (2011-07-19 (火) 13:26:18)
- 21 (2011-07-19 (火) 20:49:57)
- 22 (2011-07-20 (水) 16:00:42)
- 23 (2011-07-20 (水) 16:41:26)
- 24 (2011-07-28 (木) 06:37:28)
- 25 (2011-11-15 (火) 16:58:35)
- 26 (2011-12-21 (水) 21:00:53)
- 27 (2011-12-27 (火) 18:25:20)
- 28 (2012-01-24 (火) 15:23:16)
- 29 (2012-05-08 (火) 14:22:10)
- 30 (2012-06-28 (木) 09:53:37)
- 31 (2012-08-28 (火) 16:04:39)
- 32 (2013-01-16 (水) 18:10:58)
- 33 (2013-03-05 (火) 10:45:54)
- 34 (2014-02-19 (水) 09:12:18)
神戸大学 大学院システム情報学研究科 計算科学専攻 陰山 聡
【目次】
問題設定の復習 †
- 2次元正方形領域 [0,1]×[0,1] での熱伝導を考える
- 境界をすべて0℃に固定
- 領域全体に一定の熱を加える
- ⇒ このとき，十分な時間が経った後での温度分布はどうなるか？
前回の補足 †
- スクリプトでgnuplotを使う場合、グラフがグラフが一瞬描かれた直後に終了してしまうという問題があった。これを避けるにはgnuplotスクリプトの最後の一行に
pause -1
と書く必要があった。
- wiki中、ソースコード部分が等角フォントで表示されていない場合、 別のブラウザを試してみること。 （ソースコード中のコメントは一部、等角フォントを仮定している。）
前回の宿題 †
前回の宿題は、「thermal_diffusion.f90を理解しておくこと」であった。 ここではポイントだけ説明する。
- コード全体の構造
- モジュール構成は以下のとおり：
| モジュール名 | 内容 |
| constants | 定数 |
| parallel | 並列化 |
| temperature | 温度場 |
- main programの構造
データ出力ルーチンを除くとコードの構造は以下のとおり：
call parallel__initialize
call temperature__initialize
do loop = 1 , LOOP_MAX
call temperature__update
end do
call temperature__finalize
call parallel__finalize
ルーチン名を見れば意味は明白であろう。
- thermal_diffusion.f90コードでは、例えばmainプログラム
call parallel__initialize call temperature__initialize call temperature__output_1d_profile call temperature__output_2d_profile
に見られるように、関数名（サブルーチン名）は、「モジュール名」＋「アンダースコア二つ」＋「その関数の中身を示す言葉」で統一されている。 その関数がどのモジュールで定義されているかがすぐに分かるようにするために工夫である。
- 加熱項の表式
今考えている正方形領域は 一様かつ一定に加熱されている。 その加熱率 heat_source を（ある規格化の下で）4とすると、 定常状態における温度T(x,y)は以下のポアッソン方程式を満たす。
この式を丁寧に書くと、
である。
連続場としての温度場を x、y方向に一様な格子間隔（2次元カーテシアン格子）で離散化し、 2次精度の中心差分法で上のラプラシアンを近似すると、
(T(i+1,j)-2*T(i,j)+T(i-1,j))/dx^2 + (T(i,j+1)-2*T(i,j)+T(i,j-1))/dy^2 + heat_source = 0.
となる。ここでdxとdyはそれぞれx方向とy方向の格子間隔である。 特にdx=dyならば、その値をhと書いて、変形すると
T(i,j) = (T(i+1,j)+T(i-1,j)+T(i,j+1)+T(i,j-1))/4+heat_source*h^2/4.
が得られる。 ヤコビ法ではこの式が成り立つまで温度場Tを繰り返し計算する。
- heat_sourceが一定かつ一様で4という値であれば、右辺第二項は
4*h^2/4
となる。この項は一定なので、ヤコビ法の繰り返し計算で毎回計算するのは馬鹿らしい。 そこで、thermal_diffusion.f90コードでは、subroutine temperature__initialize において
subroutine temperature__initialize real(DP) :: heat_source = 4.0 . . . heat = (heat_source/4) * h * h
としてあらかじめ（一度だけ）計算しておき、その値をheatという変数に保存した上で、 ヤコビ法の繰り返し部分（subroutine temperature__update）では、
subroutine temperature__update
integer :: i, j
.
.
.
do j = jstart, jend
do i = 1, MESH_SIZE
! work(i,j) = (temp(i-1,j)+temp(i+1,j)+temp(i,j-1)+temp(i,j+1))/4.0_DP &
! + heat_source*h*h ! Operation time is saved in below.
work(i,j) = (temp(i-1,j)+temp(i+1,j)+temp(i,j-1)+temp(i,j+1))*0.25_DP &
+ heat
end do
end do
のようにheatという定数を足すだけで済むようにしている。
- 上のコードをよく見ると、コメントアウトされた部分では4.0で割っているところを、 コメントアウトされていない行では0.25を掛けている。 これは割り算よりも掛け算の方が計算が速いからである。
【演習】 テストデータの作成 †
- thermal_diffusion.f90をmpif90コマンドでコンパイルし、
- ジョブスクリプトthermal_diffusion.jsで並列計算せよ。
2次元可視化 †
今回は2次元データの可視化を行う。 前回と同様gnuplotを利用する。
gnuplotで2次元データをプロットする場合、そのデータのフォーマットは
x00 y00 関数値 x01 y00 関数値 x02 y00 関数値 ・ ・ ・ x09 y00 関数値 （空行） x00 y01 関数値 x01 y01 関数値 x02 y01 関数値 ・ ・ ・ x09 y01 関数値 （空行） ・ ・ ・ x09 y09 関数値
である。
2次元データ出力ルーチン †
thermal_diffusion.f90による2次元データ出力ルーチン temperature__output_2d_profile は、正方形上（x,y平面上）に分布する温度をすべて書き出すものである。 中身を見てみよう。
subroutine temperature__output_2d_profile
real(DP), dimension(0:MESH_SIZE+1, &
0:MESH_SIZE+1) :: prof
integer :: counter = 0 ! saved
integer :: ierr ! use for MPI
integer :: jstart_, jend_
character(len=4) :: serial_num ! put on file name
character(len=*), parameter :: base = "../data/temp.2d."
integer :: i, j
call set_jstart_and_jend(jstart_,jend_)
write(serial_num,'(i4.4)') counter
prof(:,:) = parallel__set_prof_2d(jstart_,jend_,temp(:,jstart_:jend_))
if ( myrank==0 ) then
open(10,file=base//serial_num)
do j = 0 , MESH_SIZE+1
do i = 0 , MESH_SIZE+1
write(10,*) i, j, prof(i,j)
end do
write(10,*)' ' ! gnuplot requires a blank line here.
end do
close(10)
end if
counter = counter + 1
end subroutine temperature__output_2d_profile
出力データの確認 †
dataディレクトリ中の連番つきファイルtemp.2d.????の中身は以下のようになっているはず。 確認せよ。
55 35 0.1165598588705999
56 35 9.9624877672293416E-002
57 35 8.1734108631726782E-002
58 35 6.2857224006520482E-002
59 35 4.2963409431420671E-002
60 35 2.2021479795155254E-002
61 35 0.000000000000000
0 36 0.000000000000000
1 36 2.1867122785152873E-002
2 36 4.2655284590767971E-002
3 36 6.2396502500601705E-002
4 36 8.1122529495226178E-002
・
・
・
57 36 8.1122529495226178E-002
58 36 6.2396502500601705E-002
59 36 4.2655284590767971E-002
60 36 2.1867122785152873E-002
61 36 0.000000000000000
0 37 0.000000000000000
1 37 2.1680615643577435E-002
2 37 4.2282992534786040E-002
3 37 6.1839860798781864E-002
4 37 8.0383668447763873E-002
5 37 9.7946446090882752E-002
6 37 0.1145596782417825
・
・
・
【演習】2次元等高線の表示 †
- data/temp.2d.0100のファイルに記された温度の分布をgnuplotの等高線で可視化してみよう。
- ファイル名：sample_contour_lines.gp
- 実行方法： gnuplot sample_contour_lines.gp
- ファイル名やパラメータ等を自由に変更してその効果を試せ。
# # a sample gnuplot script: sample_contour_lnes.gp # # [ line contours ] # set size square # same side lengths for x and y set xlabel 'i' # x-axis set ylabel 'j' # y-axis set xrange[0:62] # i-grid min & max set yrange[0:62] # j-grid min & max set nosurface # do not show surface plot unset ztics # do not show z-tics set contour base # enables contour lines set cntrparam levels 10 # draw 10 contours set view 0,0 # view from the due north set title 'Temperature at 100' splot '../data/temp.2d.0100' using 1:2:3 w l # with lines pause -1
- 結果の例
【演習】アニメーション †
- 時間発展（アニメーション）で等高線を見てみよう。
- 例によってスクリプト生成プログラムを使う。
- ファイル名：anime_contour_lines_generator.f90
- 利用方法は以下のコメント（Usage）に書かれている。
!
! anime_contour_lines_generator.f90
!
! Usage:
! (1) check the values of mesh size m and counter_end.
! (2) pg95 this_code
! (3) ./a.out > anyname
! (4) gnuplot anyname
!
program anime_contour_lines_generator
implicit none
integer, parameter :: m = 61 ! mesh size
integer, parameter :: counter_end = 100
integer :: counter
character(len=*), parameter :: base='../data/temp.2d.'
character(len=4) :: serial_num
print *, "#"
print *, "# gnuplot script generated by anime_contour_lines_generator.f90"
print *, "#"
print *, "set size square # same side lengths for x and y"
print *, "set xlabel 'i' # x-axis"
print *, "set ylabel 'j' # y-axis"
print *, "set xrange[0:", m+1, "] # i-grid min & max"
print *, "set yrange[0:", m+1, "] # j-grid min & max"
print *, "set nosurface # do not show surface plot"
print *, "unset ztics # do not show z-tics"
print *, "set contour base # enables contour lines"
print *, "set cntrparam levels 10 # draw 10 contours"
print *, "set view 0,0 # view from the due north"
do counter = 0 , counter_end
write(serial_num,'(i4.4)') counter
print *, "set title 'Temperature at ", counter, "'"
print *, "splot '"//base//serial_num//"' using 1:2:3 w l"
select case (counter)
case (0)
print *, "pause 5"
case (counter_end)
print *, "pause -1"
case default
print *, "pause 0.2"
end select
end do
end program anime_contour_lines_generator
【演習】色分布による可視化（静止画） †
- 等高線を描く代わりに正方形領域内部各点の温度を色で表現することも可能である。
- 実際に描いてみよう。
- gnuplotのサンプルスクリプトは以下のとおり。ファイル名: sample_contour_colors.gp
# # a sample gnuplot script: sample_contour_colors.gp # # [ color contours ] # set size square # same side lengths for x and y set xlabel 'i' # x-axis set ylabel 'j' # y-axis set xrange[0:62] # i-grid min & max set yrange[0:62] # j-grid min & max set palette defined (0 'blue', 0.15 'red', 0.3 'yellow') set nosurface # do not show surface plot unset ztics # do not show z-tics set pm3d at b # draw with colored contour set view 0,0 # view from the due north set title 'Temperature at 100 ' splot '../data/temp.2d.0100' using 1:2:3 pause -1
- 結果の例
【演習】色分布による可視化（アニメーション） †
- 時間発展のアニメーションを作ってみよう。
- スクリプト生成プログラム anime_contour_colors_generator.f90 （利用方法はUsage以下の通り）
!
! anime_contour_colors_generator.f90
!
! Usage:
! (1) check the values of mesh size m and counter_end.
! (2) pg95 this_code
! (3) ./a.out > anyname
! (4) gnuplot anyname
!
program anime_contour_colors_generator
implicit none
integer, parameter :: m = 61 ! mesh size
integer, parameter :: counter_end = 100
integer :: counter
character(len=*), parameter :: base='../data/temp.2d.'
character(len=4) :: serial_num
print *, "#"
print *, "# gnuplot script generated by anime_contour_colors_generator.f90"
print *, "#"
print *, "set size square # same side lengths for x and y"
print *, "set xlabel 'i' # x-axis"
print *, "set ylabel 'j' # y-axis"
print *, "set xrange[0:", m+1, "] # i-grid min & max"
print *, "set yrange[0:", m+1, "] # j-grid min & max"
print *, "set palette defined (0 'blue', 0.15 'red', 0.3 'yellow')"
print *, "set nosurface # do not show surface plot"
print *, "unset ztics # do not show z-tics"
print *, "set pm3d at b # draw with colored contour"
print *, "set view 0,0 # view from the due north"
do counter = 0 , counter_end
write(serial_num,'(i4.4)') counter
print *, "set title 'Temperature at ", counter, "'"
print *, "splot '"//base//serial_num//"' using 1:2:3 "
select case (counter)
case (0)
print *, "pause 5"
case (counter_end)
print *, "pause -1"
case default
print *, "pause 0.2"
end select
end do
end program anime_contour_colors_generator
【演習】gnuplotによる鳥瞰図（静止画） †
- 2次元温度分布T(x,y)を高さ(z)で表すことも可能である。 この時の描画は3次元的に行う必要がある。 空をとぶ鳥から見下ろしたような図は一般に鳥瞰図（bird's eye view）とも呼ばれる。
- gnuplotで描いてみよう。
- ファイル名：sample_birdseyeview.gp
# # a sample gnuplot script: sample_birdseyeview.gp # # [ Bird's Eye View ] # set size square # same side lengths for x and y set xlabel 'i' # x-axis set ylabel 'j' # y-axis set xrange[0:62] # i-grid min & max set yrange[0:62] # j-grid min & max set contour base # enables contour lines set cntrparam levels 10 # draw 10 contours # set palette defined (0 'blue', 0.15 'red', 0.3 'yellow') # set pm3d # draw with colored contour set title 'Temperature at 100 ' splot '../data/temp.2d.0100' using 1:2:3 w l pause -1
- 結果の例
【演習】gnuplotによる鳥瞰図（時間発展アニメーション） †
- アニメーションを作ってみよう。
- ファイル名：anime_birdseyeview_generator.f90
!
! anime_birdseyeview_generator.f90
!
! Usage:
! (1) check the values of mesh size m and counter_end.
! (2) pg95 this_code
! (3) ./a.out > anyname
! (4) gnuplot anyname
!
program anime_birdseyeview_generator
implicit none
integer, parameter :: m = 61 ! mesh size
integer, parameter :: counter_end = 100
integer :: counter
character(len=*), parameter :: base='../data/temp.2d.'
character(len=4) :: serial_num
print *, "#"
print *, "# gnuplot script generated by anime_birdseyeview_generator.f90"
print *, "#"
print *, "set size square # same side lengths for x and y"
print *, "set xlabel 'i' # x-axis"
print *, "set ylabel 'j' # y-axis"
print *, "set xrange[0:", m+1, "] # i-grid min & max"
print *, "set yrange[0:", m+1, "] # j-grid min & max"
print *, "set zrange[-0.35:0.35] # temperature min & max"
print *, "set contour base # enables contour lines"
print *, "set cntrparam levels 10 # draw 10 contours"
do counter = 0 , counter_end
write(serial_num,'(i4.4)') counter
print *, "set title 'Temperature at ", counter, "'"
print *, "splot '"//base//serial_num//"' using 1:2:3 w l"
select case (counter)
case (0)
print *, "pause 5"
case (counter_end)
print *, "pause -1"
case default
print *, "pause 0.2"
end select
end do
end program anime_birdseyeview_generator
【演習】gnuplotによる鳥瞰図（回転のアニメーション） †
- gnuplotではviewというパラメータで視線の方向（「鳥」がどの方向から見下ろしているか）を指定することが出来る。 このviewパラメータを変更したアニメーションを作ってみよう。
- ファイル名：anime_birdseyeview_rotation_generator.f90
!
! anime_birdseyeview_rotation_generator.f90
!
! Usage:
! (1) check the values of mesh size m and counter_end.
! (2) pg95 this_code
! (3) ./a.out > anyname
! (4) gnuplot anyname
!
program anime_birdseyeview_rotation_generator
implicit none
integer, parameter :: m = 61 ! mesh size
integer, parameter :: counter_target = 100
integer, parameter :: angle_start = 30
integer, parameter :: angle_end = angle_start + 180
integer :: angle
character(len=*), parameter :: base='../data/temp.2d.'
character(len=4) :: serial_num
print *, "#"
print *, "# gnuplot script generated by anime_birdseyeview_generator.f90"
print *, "#"
print *, "set size square # same side lengths for x and y"
print *, "set xlabel 'i' # x-axis"
print *, "set ylabel 'j' # y-axis"
print *, "set xrange[1:", m+1, "] # i-grid min & max"
print *, "set yrange[1:", m+1, "] # j-grid min & max"
print *, "set zrange[-0.35:0.35] # temperature min & max"
print *, "set contour base # enables contour lines"
print *, "set cntrparam levels 10 # draw 10 contours"
do angle = angle_start , angle_end
write(serial_num,'(i4.4)') counter_target
print *, "set title 'Temperature at ", counter_target, "'"
print *, "set view 60, ", angle
print *, "splot '"//base//serial_num//"' using 1:2:3 w l"
select case (angle)
case (angle_start)
print *, "pause 5"
case default
print *, "pause 0.2"
end select
end do
end program anime_birdseyeview_rotation_generator
応用問題： 熱源分布が一様でない場合の平衡温度分布 †
- これまで正方形領域（0<=x<=1, 0<=y<=1）が全体に一様に+4の強さで加熱されている場合を想定して計算していた。
- 次に、下の図のように正方形を4つの部分にわけて市松模様状に加熱と冷却の分布を与えることを考える。
冷却は負の加熱と考え、+4の加熱と-4の加熱の分布を図のように与える。
- 答えの分布をsample_birdseyeview.gpで可視化すると次のような図が得られる。
レポート課題 １ †
上に述べた市松模様状に+4と-4の加熱と冷却の分布を与えたときの熱平衡温度分布を求めるプログラムを thermal_diffusion.f90を変更して作り、それをthermal_diffusion_checker.f90とせよ。
- thermal_diffusion_checker.f90を作るにあたり、thermal_diffusion.f90にどのような変更を加えたか説明せよ。
- thermal_diffusion_checker.f90で求めた平衡解（最終状態解）温度の最大値と最小値を記せ。
- その最大値と最小値が格子分割点数 MESH_SIZEにどう依存性するか調べ、考察せよ。
授業アンケート †
今回の演習内容はどうでしたか？（どれか一つ、一度だけ押してください。）
質問、コメントなど自由にどうぞ †
「お名前」欄は空欄で可。
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as of 2024-04-17 (水) 06:36:24 (6112)