システム情報に係る新規領域の創出に向けて，対象とすべき分野はますます多様化し，その裾野は確実に広がっていくことでしょう。そのため，システム情報学のコアとなるシステム・情報・計算に関わる学問体系を一研究科として整備することが必要であることは言うまでもありませんが，学際領域の教育研究を飛躍的に発展させるためには，これらコアの学問体系に加えて，各分野に特化した教育研究の充実が必要不可欠です。しかしながら，分野特化の教育研究を一大学の一研究科によって全てカバーすることは現実的ではなく，新しい教育の枠組みを構築する必要があります。
そこで，他大学，他研究機関との連携を研究科の枠組みの中に組み込んだ構想としています。すなわち，システム情報学の対象となる各領域分野において卓越した教育研究実績を挙げている他大学大学院と共同で連携した教育システムを構築します。具体的には，本研究科の中に，京都大学，大阪大学，奈良先端科学技術大学院大学，筑波大学及び名古屋大学との協定書に基づき，それぞれの大学が有している教育リソースを総合的に活用できる枠組みを形成します。
| 専 攻 名 | 協定大学名 | 備考 |
| 計算科学 | 京都大学・大阪大学・奈良先端科学技術大学院大学・筑波大学・名古屋大学 | 協定５大学と平成２２年４月１日に協定書を締結し設置しました。 |